2010年10月1日，F-35模拟试验中发现的一个软件问题导致试验机队被停飞若干天；该软件问题可以导致飞机在高空飞行中燃油泵被关闭；与此同时，还发现F-35B短距起飞垂直降落（STOVL）型的升力风扇辅助进气道的铰链存在不足，为解决该问题，所有的垂直降落试验暂停了超过两个月。
2011年1月：F-35战机飞行测试中出现跨音速机翼掉转。据美国防务新闻网站2011年1月18日报道，美国空军的F-35A型和美国海军陆战队的F-35B型，在中等攻角测试飞行中，出现了比预期侧滑更厉害的跨音速机翼掉转。一些部件没有达到预期的可靠程度。此外，美国普惠公司的F-135发动机在加力燃烧室出现“震荡燃烧”，就是气流分裂引发剧烈震动，阻碍发动机达到最大推力。
